بداية خدمته كأسقف عام
تمت سيامة نيافة الأنبا تيموثاوس أسقفًا عامًا يوم 30 مايو 1999 بيد قداسة البابا الراحل الأنبا شنودة الثالث، ليبدأ خدمته كأسقف عام على القوصية.
وبعد عدة سنوات، وتحديدًا في 4 نوفمبر 2002، تم تغيير نطاق خدمته ليكون أسقفًا عامًا بالقاهرة لرعاية كنائس:
- عين شمس
- المطرية
- عزبة النخل
أبرز ملامح خدمته بالقاهرة
خدم نيافته كنائس المنطقة لمدة 6 سنوات و7 أشهر و3 أيام، تميزت بنشاط رعوي وروحي واضح، حيث:
✦ خدمة روحية منتظمة
- كان لنيافته اجتماع أسبوعي ثابت كل يوم أحد بكنيسة مارجرجس – عين شمس (المقر الرئيسي)، وكان هذا الاجتماع محطة تغذية روحية لأبناء المنطقة.
✦ نهضة إنشائية وكهنوتية
- اهتم نيافته بالبناء والتعمير إلى جانب الخدمة الروحية.
- في فترة خدمته تمت سيامة 15 من الآباء الكهنة، مما ساهم في تغطية الاحتياجات الرعوية المتزايدة بالكنائس.
✦ محبة خاصة في قلوب الشعب
- يُعد نيافة الأنبا تيموثاوس أول أب أسقف فعلي يخدم المنطقة بعمق وانتظام، وذلك لأن خدمة نيافة الحبر الجليل الأنبا سلوانس في نفس المنطقة كانت قصيرة.
- ترك بصمة واضحة في نفوس الشعب، واستمر تأثير خدمته لسنوات بعد انتقاله إلى كرسيه الجديد.
تجليسه كأسقف إيبارشية
في يوم 7 يونيو 2009، تم تجليس نيافة الأنبا تيموثاوس أسقفًا على إيبارشية الزقازيق ومنيا القمح، ليبدأ خدمة جديدة مليئة بالعطاء، بعد أن وضع أساسًا قويًا من الخدمة الرعوية في كنائس القاهرة التي خدم بها كأسقف عام.